>(2)写真データの管理はiPhotoで一元的に行う。

こちらで行ってください。
アップルのiTunesやiPhotoはユーザーに面倒なファイル管理をさせないようにという設計思想で作られていますから、もしチェックを外してしまうと、後は全部自分で管理しろという話になります。例えばあなたが勝手にファインダー上でファイルを移動したり名前を変えたりすればiPhotoはファイルを見失います。
そういう事をされたくないので、iPhotoのデータファイルはパッケージという特殊な形式になっているのです。

チェックを付けたままの状態ならデータのバックアップもファイル1つのコピーですから簡単ですが、チェックを外してバラバラに管理するとなると大変になります。

ユーザー>ピクチャ>とフォルダを入って行くとiPhoto Libraryというファイルがあります。これがiPhotoのデータファイルですが、パッケージという特殊な形式ですのでこれをダブルクリックしても内容は判りません。
このアイコンをマウスで右クリックし「パッケージの内容を表示」を選ぶと出てくるのが、データフォルダの中身です。
これを見れば、iPhotoはオリジナルファイルと修正後のファイルも別々に管理していることが判るでしょう。
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